Zwischen 1940 und 1941 wurden hier rund 13.720 Menschen mit voriwegend geistiger Behinderung oder psychischen Krankheiten umgebracht. Im Zuge der sogenannten „Aktion T4“ wurden sie in Sonnenstein in einer Gaskammer im Keller der Anstalt umgebracht. Zusätzlich wurde die Anstalt im Sommer 1941 genutzt, um schwerkranke und arbeitsunfähige Häftlinge aus Konzentrationslagern zu ermorden. Dies geschah im Rahmen der „Sonderbehandlung 14f13“.