Die Einrichtung in Waldniel-Hostert wurde 1937 zu einer Zweiganstalt der Heil- und Pflegeanstalt Süchteln Johannistal. Im Rahmen der „Aktion T4“ wurden insgesamt 1044 Patient:innen in andere Anstalten transportiert – zunächst mehrheitlich nach Galkhausen und schließlich von dort aus in die Tötungsanstalt Hadamar. Am 1. Juli 1943 wurde die Anstalt Waldniel geräumt. Die GeKrat transportierte die noch verbliebenen Kranken in andere Anstalten.
In Waldniel selbst starben insgesamt mindestens 554 Patient:innen, unter ihnen mindestens 99 Kinder, die in der im Dezember 1941 eingerichteten speziellen „Kinderfachabteilung“ ums Leben kamen.